殺菌，是飲料生產線加工中的一個重要環節。飲料的滅菌與醫學和生物學之間有一定的區別。飲料殺菌有兩方面的含義：一是要求殺死病原菌和腐敗菌污染的飲料，食品酶破壞喝在特定的環境中，如密封的瓶、罐或其他容器，一定貯存期;二是要求在滅菌過程中要盡可能的保護營養和風味飲料。因此，殺菌后的飲料是一個商業無菌。
有兩種方法：物理滅菌和化學殺菌。化學殺菌的方法是使用過氧化氫、環氧乙烷、次氯酸鈉消毒劑。由于化學殘留的影響，目前的食品殺菌方法往往對物理殺菌。物理滅菌法分為熱殺菌和冷殺菌。熱殺菌方法分為熱滅菌法、干熱滅菌法、微波滅菌法、遠紅外加熱滅菌方法。冷殺菌分為紫外線輻射滅菌、電離輻射滅菌和殺菌消毒。在濕熱滅菌法中，有殺菌、高溫短時殺菌和超高溫瞬時殺菌的方法。所謂滅菌(殺菌)是一種低溫長時間殺菌，殺菌溫度低于100攝氏度，保溫時間為30min。高溫短時間殺菌(HTST)，滅菌溫度一般為100度左右，如85攝氏度的高溫短時滅菌奶的溫度，保持15s以上。超高溫瞬時滅菌(UHT)，殺菌溫度在攝氏120度以上，只有幾秒鐘。HTST和UHT滅菌方法，不僅效率高，而且食品保存營養和風味的結構和外觀均優于其他方法消毒。根據上述方法和相應的發展相應的類型的飲料殺菌設備更多，以待處理的材料的形態分類是以下三：
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