蛋白質的制備是一項非常詳盡的作業。觸及物理學、化學和生物學的常識很廣。近年來雖有了不少改善，但其首要原理仍不外乎兩個方面：一是運用混合物中幾個組分分配率的不同，把它們分配于可用機械辦法別離的兩個或幾個物相中，如鹽析、有機溶劑提取、層析和結晶等;二是將混合物置于單一物相中，經過物理力場的效果使各組分分配于不同區域而到達別離的意圖，如電泳、超離心、超濾等。因為蛋白質不能溶化，也不能蒸騰，所能分配的物相只限于固相和液相，并在這兩相間相互替換進行別離純化。制備辦法可按照分子巨細、形狀、帶電性質及溶解度等首要因素進行分類。按分子巨細和形狀分為差速離心、超濾、分子篩及透析等辦法;按溶解度分為鹽析、溶劑抽提、分配層析、逆流分配及結晶等辦法;按電荷差異分為電泳、電滲析、等電點沉積、離子交換層析及吸附層析等;按生物功用專一性有親合層析法等。
因為不同生物大分子結構及理化性質不同，別離辦法也不一樣。即同一類生物大分子因為選用資料不同，運用辦法不同也很大。因而很難有一個統一標準的辦法對任何蛋白質均可循用。因而試驗前應進行充沛調查研究，查閱有關文獻資料，對欲別離提純物質的物理、化學及生物學性質先有必定了解，然后再著手進行試驗作業。關于一個不知道結構及性質的試樣進行創造性的別離提純時，更需要經過各種辦法比較和探索，才干找到一些作業規則和取得預期成果。其次在別離提純作業前，常須樹立相應的剖析判定辦法，以正確指導整個別離純化作業的順利進行。高度提純某一生物大分子，一般要經過多種辦法、進程及不斷改換各種外界條件才干到達意圖。因而，整個試驗進程辦法的優劣，挑選條件效果的好壞，均須經過剖析判定來判明。
另一方面，蛋白質常以與其他生物體物質結合方式存在，因而也易與這些物質結合，這給別離精制帶來了困難。如極微量的金屬和糖對巨大蛋白質的安穩性起決定效果，若被除掉則不安穩的蛋白質結晶化的難度也隨之增加。如頂峰淀粉酶 A的 Ca2+，胰島素 Zn2+等。此外，高分子蛋白質具有必定的立體構象，適當不安穩，如前所述極易變性、變構，因而限制了別離精制的辦法。通常是依據詳細對象聯用各種辦法。為得到天然狀況的蛋白質，盡量選用溫文的手法，如中性、低溫、避免起泡等，并還要留意防腐。
留意共存成分的影響。如蝮蛇粗毒的蛋白質水解酶活性很高，在別離純化中需引起注重。純化蝮蛇神經毒素時，當室溫超過 20℃時，簡直得不到神經毒素。蝮蛇毒中的蛋白水解酶能被 0.1mol/L EDTA徹底按捺，因而在進行柱層析前先將粗毒素 0.1mol/LEDTA溶液處理，即使在室溫高于 20℃，仍能很好的得到神經毒素。
整個制備進程一般可分為 5個階段：①資料的挑選和預處理，②細胞的破碎(有時需進行細胞器的別離)，③提取，④純化(包含鹽析，有機溶劑沉積，有機溶劑提取、吸附、層析、超離心及結晶等)，⑤濃縮、枯燥及保存。以上 5個階段不是要求每個計劃都完整地具備，也不是每一階段截然分隔。
不論是哪一階段運用哪一種辦法，均必須在操作中保存生物大分子結構的完整性。保存活性避免變性及降解現象的發生。因空間結構首要依托氫鍵、鹽鍵和范德華力的存在，遇酸、遇堿、高溫、劇烈的機械效果及激烈的輻射等均可導致活性損失。因而挑選的條件應為非常溫文。一起應留意避免體系中重金屬離子、細胞本身酶系及其他有毒物質的污染。
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